Nadzorni odbor BS je kontrolno-nadzorni organ BS i za svoj rad odgovoran je Kongresu BS i Glavnom odboru BS. Nadzorni odbor BS svoju djelatnost vrši po službenoj dužnosti ili na zahtjev Glavnog odbora BS, Predsjedništva BS i Predsjednika BS. Nadzorni odbor BS čine predsjednik i dva člana. Nadzorni odbor BS može za obavljanje određenih stručnih poslova angažovati eksperte za određenu oblast. Nadzorni odbor BS dužan je najmanje jednom godišnje podnijeti izvještaj o radu Glavnom odboru BS. Nadzorni odbor BS donosi Poslovnik o svom radu.
Za predsjednika Nadzornog odbora na III Kongresu Bošnjačke stranke izabran je Emir Dacić, dok su članovi Muradif Grbović i Damir Gutić.